Tras revivir a todos los guerreros que murieron durante la batalla contra Freezer y la batalla contra los saijans se desea que los namekianos sean transportados a un planeta habitable. Mientras, se piensa que Goku ha muerto, pero el Dragón revela que está vivo vagando por el espacio. Tras dos años de espera, el día que va a llegar Goku, Freezer (que se había recuperado con implantes robóticos) llega junto con su padre y su ejército. Los guerreros, junto a Vegeta, están dispuestos a pelear, pero aparece de la nada un nuevo personaje que vence con mucha facilidad a Freezer. Este es un desconocido pero parece conocerles a todos. Este personaje sabe también en qué hora y lugar aterrizará Goku. Su predicción se cumple. El personaje habla personalmente con Goku y le revela que moriría de una grave enfermedad del corazón, que su nombre es Trunks, que es hijo de Bulma y Vegeta y que viene del Futuro con una máquina del tiempo. Ha venido en busca de auxilio, pues en su tiempo hay unos androides que lo han arrasado todo y que están exterminando a la humanidad. Les dice la fecha y lugar donde aparecerán. A Goku le da la medicina que necesita y entonces se va. Los guerreros de la Tierra tienen tres años para entrenar duro y acabar con los androides.
Pasados los tres años se reunen en el lugar. Se encuentran con unos androides fuertes, pero ellos lo son más. Goku se pone enfermo y no puede pelear, pero le reemplaza Vegeta que también ha logrado ser un SuperSaijan. Llega de nuevo el Trunks del Futuro y vencen con facilidad a estos androides, pero resulta que estos no son los verdaderos. Uno de ellos era el doctor Gero cuya intención es matar a Goku. El doctor huye a su laboratorio y despierta los verdaderos androides. Estos androides traicionan al Doctor y le matan. Los guerreros pelean contra los androides Nº 16, Nº 17 y Nº 18 y pierden.
Mientras tanto Bulma se percata de que hay otra máquina del tiempo oxidada en el campo. Llama a Trunks y ven que venía del Futuro y que llegó hace años. Descubren a su lado unas mudas de piel de un insecto gigante. Este insecto gigante es Cell, un poderoso androide creado a partir de los genes de los mejores guerreros que existen en el mundo, entre los que se encuentran los protagonistas, Freezer y los Saijan. Esta criatura fue creada por el doctor Gero y se alimenta de seres humanos para elevar su fuerza. Este ser tiene un desarrollo que cuenta con tres fases: Alimentarse de seres humanos, Absorber al androide Nº 17 y Absorber al androide Nº 18. Una vez desarrollado se supone que es invencible. Sin que los protagonistas se dieran cuenta Cell absorbió ciudades enteras. Es entonces cuando Pikoro va en su busca, pero se le escapa. Cell encuentra a Nº 17 y lo absorve. Vegeta y Trunks después de recuperarse y entrenar un día en el salón del tiempo, en el cual 24 horas son 1 año, van en busa de Cell. Antes de que atrape a Nº18 Vegeta lucha contra Cell. Cell va a perder pero convence a Vegeta para que le deje ir a por Nº18 y así le pueda proporcionar una pelea digna de un saijan. Cell se perfeciona y ahora ni siquiera Vegeta ni Trunks pueden contra él.
Sin embargo Cell tiene ganas de divertirse y convoca un torneo de artes marciales al que todo el mundo está invitado. Sería en 10 días. Los protagonistas aprovechan para entrenar, pero Goku y Gohan no lo hacen, deciden descansar.
Llegado el momento todos se reunen en el podio donde tendrá lugar el torneo. En él pelean Goku contra Cell, pero Goku se rinde. Después pelea su hijo Gohan, el cual está siendo apalizado. Entonces Cell para divertirse expulsa unas criaturas, hijas suyas, que pelean contra los demás. Cell mata entonces al androide Nº16, el cual antes de morir le pide a Gohan que proteja la Tierra y a todo ser vivo. Gohan enfurece por su muerte y multiplica su fuerza. Acaba con los hijos de Cell, salvando a sus amigos. Gohan entonces derrota a Cell, el cual usa su autodestrucción como último recurso. Goku se lleva Cell lejos mediante la técnica de la teletransportación. Entonces Goku muere. Parece que han ganado, pero Cell vuelve más fuerte que antes y mata a Trunks. Al poseer genética namekiana, puede regenerar su cuerpo; al tener genética Saijan, al recuperarse de heridas mortales se vuelve más fuerte, y al conocer las técnicas de Goku, se puede teletransportar. Entonces Gohan desata todo su poder y gracias a la ayuda de sus amigos: Vegeta, Ten shin han, Yamcha y Krillin. Vegeta al ver morir a su hijo enfurece y ataca Cell, lo cual le da la ventaja a Gohan y destruye a Cell por completo, para que no pueda regenerarse.